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大同等4所沒有繼續拿到教卓補助的大學，有的表示意外，有的很失望，但大學一致表示，會繼續提升教學品質，努力爭取補助，再接再厲。

大同大學主秘李清坤對沒有繼續拿到教卓計畫感到意外，也覺得遺憾、可惜。他表示，該校96年到99年都拿到補助，一年有3千多萬，對學校教學品質提升有很好的效果，沒有拿到會有很大的影響，但將檢討原因，找出可補救方法。

玄奘大學副校長林博文說，該校96年到99年都獲教卓補助3千到6千多萬，代表方向很正確，成果受肯定，但比賽會得獎，也可能不得獎，將平常心看待，並繼續努力，包括觀摩新進榜學校吸收經驗，明年繼續爭取。

聯合大學教務長余瑞芳則表示失望，他表示，該校95年起每年都獲補助約5千萬，對教師評鑑、學生基本核心評量等制度建立提升有很好成效，這次教育部對連拿多次的學校要求高，學校尊重教育部審查機制，也會繼續努力提升教學品質。

但余瑞芳也指出，好幾所大學同時申請頂尖大學計畫，3月如果公布後，兩項都申請到的大學，只能擇一，有的會放棄教卓補助，相信該校有機會遞補。

新竹教大教務長鄭淵全指出，該校拿到教卓4年補助，一年都有5千萬，對轉型基礎建立有很大的助益，可建立很好的制度，這次沒有拿到，顯然是做得不夠，將虛心檢討。

上次摔出榜外、這次又進榜的台師大校長張國恩說，拿到補助可讓學校財務負擔少一點，但持「平常心」，不管有沒有拿補助，提升教學品質是學校本來就該做的。

張國恩也表示，台師大也已申請5年500億頂大計畫，包括華語文和科學教育兩項，都深具發展性，未來如果拿到頂尖大學計畫補助，會放棄教卓補助。